Landgoed Junne is bijna helemaal Natura 2000-gebied. Natura 2000 is een Europees netwerk van beschermde natuurgebieden. In deze Natura 2000-gebieden worden bepaalde dieren, planten en hun natuurlijke leefomgeving beschermd om zo de biodiversiteit, de soortenrijkdom, te behouden. De biodiversiteit staat in Europa al jaren onder druk. Duurzame bescherming van flora en fauna is hard nodig. Planten en dieren trekken zich weinig aan van landsgrenzen en het is daarom belangrijk om natuurbescherming in Europees verband aan te pakken. Zo voorkomen we dat de natuur in Europa en in Nederland steeds meer van hetzelfde wordt. Landgoed Junne beschikt over een grote hoeveelheid waardevolle beschermde natuur zoals zandverstuivingen, hoogveen, eiken/beukenbossen en stroomdalgraslanden.